LoKS reguleerib selle § 1 lõike 1 kohaselt loomade kaitset inimese sellise tegevuse või tegevusetuse eest, mis ohustab või võib ohustada loomade tervist või heaolu. LoKS § 1 lõige 2 viitab, et vabalt looduses elavate loomade kaitset reguleerib lisaks käesolevale seadusele ka looduskaitseseadus, jättes farmis elavad (mets/karus)loomad edukalt LKS kaitsealast väljapoole.
LoKS § 2 lõige 2 määratleb põllumajandusloomana LoKS tähenduses loomsete saaduste tootmise eesmärgil peetava ja aretatava looma. Põllumajandusloomaks loetakse ka hobuslane. LoKS § 4 lõige 1 volitab põllumajandusloomade pidamise ja selleks ettenähtud ruumi või ehitise nõuded kehtestama Vabariigi Valitsuse või tema poolt volitatud ministri. Teiste määruste hulgas on LoKS alusel kehtestatud põllumajandusministri 06.09.2010 määrus nr 88 «Nõuded karuslooma pidamise ja selleks ettenähtud ruumi või ehitise kohta».
Loomadega seotud loamenetlustes tuleks arvesse võtta ka loomakaitseseaduses ja selle alusel kehtestatud õigusaktides sätestatud nõudeid.
MTÜ Loomus on seisukohal, et põllumajandustegevusega seotud tegevuslubade andmisel tuleb kontrollida ka ettevõtja vastavust LoKS alusel põllumajandusloomade pidamise ja selleks ettenähtud ruumi või ehitise kohta kehtestatud nõuetele. Ülalviidatud põllumajandusministri määrus sätestab mh nõuded karuslooma kasvanduste kohta, nõuded loomade pidamise ruumi ja ehitise kohta.
Juhul kui Keskkonnaamet peaks tegevusloa andmisel lähtuma vaid LKS sätetest, siis tähendaks see, et Keskkonnaametil on kohustus anda tegevusluba farmile, kus rikutakse LoKSist tulenevaid loomade tervise ja heaolu nõudeid, sest loa väljastamisel LoKS ja selle alusel kehtestatud õigusaktide nõuetele vastavust ei hinnata. See aga tähendaks sisuliselt, et seadusandja sooviks on olnud ühe õigusakti alusel lubada tegutseda ettevõtjatel, kes rikuvad mõnda teist sama tegevusala reguleerivat õigusakti ehk mõne teise õigusakti rikkumine on seadusandja jaoks sekundaarne või aktsepteeritav. Samuti ei saa seadusandja eesmärgiks olla olukord, kus Keskkonnaamet annab tegevusloa mingifarmile ja Veterinaar- ja Toiduamet seejärel koheselt nt võtab loomad omanikult ära või taotleb loomapidamise õiguse äravõtmist. Selline tõlgendus oleks koormav nii riigile, kui rikuks isikute õigust õiguskindlusele ja õiguspärasele ootusele.